Según la investigación, encargada por el Ayuntamiento de Chipiona (Cádiz), esta localidad sería el puerto principal de la boca del estuario.
El río propiamente dicho, terminaría en Alcalá del Río (Sevilla).
La desembocadura del Guadalquivir está en Alcalá del Río (Sevilla), según un profesor de la Universidad de Granada que investiga el tema por encargo del Ayuntamiento de Chipiona (Cádiz).
A partir de la localidad sevillana de Alcalá del Río, el Guadalquivir es estuario y mar interior, y en consecuencia, el puerto principal de su boca sería Chipiona.
Son las conclusiones de un estudio, todavía sin completar, que acaba de ser presentado y que ha estado dirigido por Antonio Ramos Millán, profesor de Prehistoria de la Universidad de Granada.
Según el alcalde de Chipiona, Luis María Aparcero, son muchas las ventajas que puede reportar conocer con precisión el punto geográfico donde desemboca el Guadalquivir.
El estudio apunta que el río desemboca en Alcalá del Río, Sevilla, donde comienza un estuario que acaba en un embudo con tres vértices, Sanlucar, Chipiona y Ayamonte (Huelva). Chipiona sería el puerto principal de esta boca por geografía física, aunque la Casa Ducal de Medina Sidonia desplazó a Chipiona en favor de Sanlúcar.
Cuando acabe el estudio, el Ayuntamiento pedirá a las administraciones el reconocimiento de Chipiona como puerto principal de la boca de la ría oceánica del Guadalquivir. El ayuntamiento de Sanlúcar todavía no se ha pronunciado.